清和天皇の勅願により慈覚大師円仁が宮中に創建した禁裏内道場を創始とし、のちに浄土宗宗祖の法然上人が後白河・高倉・後鳥羽の三天皇に授戒をした功績によって道場を賜り浄土宗の大本山となったと伝える。室町時代には皇室や公家、 幕府より篤い帰依を受け、浄土宗の筆頭寺院として繁栄した。応仁の乱や戦国時代の混乱で打撃を受け衰退したが、豊臣秀吉公は当院に対し皇室帰依の寺院として保護を加え、寺領の安堵や末寺統制への協力、また京都改造に伴う寺町修造の際も禁裏御所に最も近い場を選んで移転をされている。その後も皇室ゆかりの由緒ある寺院として浄土宗大本山の一つに数えられ、御所東に隣接して伽藍を構えている。