天正十三（一五八五）年、加藤清正公が父、清忠公追善のために、摂津（現在の大阪府）に本妙寺を創建し、清正公の肥後（熊本）入国後に肥後に移転、清正公の卒後、慶長十九（一六一四）年より現在の地に定まり、清正公をまつる。清正公の賢母、聖林院殿はねね様の従姉妹とされ、清正公が秀吉公に仕える機縁となった。